Die Stabsstelle Europäische Finanzkontrolle (EFK), die unmittelbar dem Oberfinanzpräsidenten unterstellt ist, gliedert sich in zwei Teile:

• Unabhängige Bescheinigende Stelle für den Bereich EU-Agrar und EU-Forschung (AF)
• Unabhängige Prüfstelle für den EU-Strukturförderbereich (Str) 

Die EFK prüft als unabhängige Stelle die ordnungsgemäße Verwendung europäischer Fördermittel in Baden-Württemberg und berichtet an die Kommission. Die unabhängige Bescheinigende Stelle für den Bereich EU-Agrar und EU-Forschung erstellt hierüber Prüfzertifikate. Die EFK überprüft zudem die Strukturen und Verfahrensweisen der Stellen, die die Zahlungen vornehmen. Darüber hinaus nimmt die EFK vielfältige Aufgaben wahr, wie die Beratung für das EU-Forschungsrahmenprogramm und die Beteiligung an deutschen und europäischen Arbeitsgruppen.

Ihren Dienstsitz hat die EFK in Stuttgart.  

Die direkt dem Oberfinanzpräsidenten unterstellte Stabsstelle Steuerung umfasst die Bereiche Koordination, Presse- und Öffentlichkeitsarbeit, Controlling, Verwaltungsmodernisierung und Kommunikation der Finanzämter.
Das Controlling ist für das Aufbereiten von Kennzahlen zu Steuerungszwecken zuständig. Hier werden auch die Zielvereinbarungsprozesse mit dem Ministerium, innerhalb der Oberfinanzdirektion und mit den Finanzämtern koordiniert sowie die Kosten- und Leistungsrechnung erstellt. Die Verwaltungsmodernisierung optimiert in verschiedenen Projekten vorhandene Abläufe und Strukturen, indem es sie effizienter und zukunftsfähig gestaltet.

Darüber hinaus koordiniert die Stabsstelle die interne Zusammenarbeit der Abteilungen in abteilungsübergreifenden Fragestellungen.